Im Jahre 1960 begann die Mädchenrealschule St. Elisabeth in Friedrichshafen, gegründet von den Franziskanerinnen von Sießen. Zunächst stellte St. Antonius in der Karlstraße Räumlichkeiten zur Verfügung. Mit dem Bau des neuen Schulhauses St. Elisabeth an der Ecke Werastraße/Zeppelinstraße wurde 1963 begonnen und 1965 konnten die Schülerinnen in das neue Schulhaus einziehen. St. Elisabeth umfasste nun 350 Schülerinnen in sechs Klassenstufen. Der sogenannte "Schülerberg" in den 70-er Jahren mit einem großen Schülerinnenandrang auch in St. Elisabeth mit vier- und zum Teil fünfzügigen Jahrgangsstufen führte wieder zu Platzmangel und erforderte so im Jahre 1977 eine Aufstockung des Klassentraktes mit sechs neuen Klassenzimmern.

Zum Schuljahresbeginn 1984/85 wurde auch der Fachraumbereich durch ein neues Stockwerk erweitert. Der letzte Neubau erfolgte 1991/92 mit der Einrichtung eines großzügigen zweiten Computerraumes und eines wunderschönen Zeichensaales.

Der architektonische Entwurf der Mädchenrealschule St. Elisabeth einschließlich der Erweiterungen und des Schwesternhauses mit der Kapelle stammt vom Friedrichshafener Architekten Dipl.-Ing. Hanns Schlichte. Sein Sohn, Architekt Dipl.-Ing. Hannspeter Schlichte, entwarf den Neubau von 1991/92.

Zum 1. August 1996 erfuhren die Sießener Schulen, zu der auch St. Elisabeth gehört, mit einer Überführung in eine gemeinnützige GmbH eine rechtliche Verselbstständigung. Zuvor wurden von den Schulleitungen und gewählten Lehrervertretern der einzelnen Schulen Grundlagen mit den Bereichen Katholische Bildung und Erziehung/Freiheit des Menschen/Rechtliche Bedingungen und vier konstituierende Profilelemente erarbeitet. So ist St. Elisabeth eine katholische, staatlich anerkannte Schule in freier Trägerschaft. Träger ist die "Sießener Schulen gemeinnützige GmbH", mit der "Kongregation der Franziskanerinnen von Sießen e. V." als alleinigem Gesellschafter.

Neben dem Aufsichtsrat haben die Sießener Schulen eine gemeinsame Geschäftsführung, die aus einem pädagogischen und einem kaufmännischen Geschäftsführer besteht. Hauptverantwortlich für die Erarbeitung der Profile war der Diplomheilpädagoge Bernhard Morgenstern, der von 1996 bis 1999 mit großem Engagement als pädagogischer Geschäftsführer der Sießener Schulen wirkte. Sein Nachfolger wurde Paul Stollhof, der das Profil der Sießener Schulen bis 2020 weiter geschärft hat. Seit 2020 ist Wibke Tiedmann pädagogische Geschäftsführerin der Sießener Schulen gGmbH. Kaufmännischer Geschäftsführer ist Diplomkaufmann Hans-Peter Staiber.

Schulleitungen in St. Elisabeth